O objetivo deste trabalho é mostrar três desafios surgidos a partir das primeiras apresentações do projeto Ecomuseu Ilha Grande, todos eles relacionados às diferentes formas de compreensão do que sejam natureza e cultura. O primeiro diz respeito ao equilíbrio entre preservação da natureza e bem-estar dos moradores, objetivos bastante conflitantes atualmente. Em segundo lugar, há a intenção de envolver a população local da Ilha Grande nos projetos de pesquisa acadêmica e de defesa do meio ambiente. Finalmente, há a tentativa de preservar a memória de práticas de violência e de arbitrariedade ética e moral, que são ou estereotipadas ou totalmente ignoradas pela sociedade.